日本對企業(yè)法人實行屬地稅制，在日本從事經(jīng)濟活動的法人企業(yè)都要就其經(jīng)濟活動中所產(chǎn)生的利潤在日本納稅。征稅主體為國家及地方政府（都道府縣及市町村），征稅對象為日本法人企業(yè)的全球收入，征稅主體對各個征稅對象擁有征稅權(quán)。當征稅對象包括境外所獲利潤時，為避免雙重征稅，制定了境外稅額抵扣的規(guī)定，在一定范圍內(nèi)，可從日本的應(yīng)繳稅款中扣除境外已繳納的稅款。在日本開展業(yè)務(wù)的跨國公司，當其獲得一定的應(yīng)稅收入時，通過辦理源頭課征（即代扣代繳）或申報繳納的手續(xù),計算和繳納應(yīng)征稅額。為避免雙重征稅和逃稅的發(fā)生，中國政府與日本政府于1984年簽署了《中日租稅條約》，1991年中國外資法改訂后，雙方政府又進行換文重新確認了某些變更條款。

日本針對企業(yè)和個人所得征收五種稅，包括兩種國稅——法人稅、個人所得稅；三種地方稅——都道府縣民稅、事業(yè)稅、市町村民稅。針對流通交易征收四種稅，包括兩種國稅——登記許可稅、印花稅；兩種地方稅——房地產(chǎn)購置稅、汽車購置稅。此外，日本還針對消費和財產(chǎn)的所有、轉(zhuǎn)移等征收消費稅、遺產(chǎn)稅、贈與稅等其他約19種稅目。

日本公司的法人稅包含國稅和地方稅兩大主體，此外還必須繳納根據(jù)公司規(guī)模為計稅標準的均攤稅等。這樣，包含地方稅后的實際稅率大約為42%左右。具體包括：

法人稅

法人收入的22-30%。

法人居民稅

（都道府縣民稅和市町村民稅）法人稅的17.3-20.7%及根據(jù)法人規(guī)模等計算的一定金額等。

法人事業(yè)稅與地方法人特別稅

法人收入的一定比例（各都道府縣的稅率有所不同，并非一定在該范圍之內(nèi)，注冊資本超過1億日元的法人須另行繳納外部標準納稅）。

所得稅

當獲得利息、分紅收入及其他收入時，原則上對在日本國內(nèi)銀行存款利息代扣代繳國稅15%，地方稅5%。

消費稅

原則由最終消費者負擔。2012年3月30日，日本政府內(nèi)閣會議正式通過了消費稅增稅相關(guān)法案。2013年10月1日，日本首相安倍晉三正式宣布將于2014年4月1日把消費稅由目前的5%提高到8%。同時，日本政府準備不遲于2015年10月進一步加稅2%，將消費稅再調(diào)高到10%。

事業(yè)所費

在東京都特別區(qū)、政令指定市及其他一些指定城市擁有營業(yè)所，且從業(yè)人員達到一定數(shù)量以上，營業(yè)所的建筑面積達到一定面積以上時繳納。

固定資產(chǎn)稅

擁有土地、建筑物或其他固定資產(chǎn)時繳納。

汽車稅

擁有汽車者繳納。

印花稅

填寫、出具納稅文件及合同、發(fā)票時繳納。

房地產(chǎn)購置稅

獲取土地、建筑物時繳納。